王允还有一个长处，那就是交游广阔，上至世家大族，下至屠狗织席之辈，皆能倾心结交，在并州有大侠之名。十九岁出仕，侦破鲜卑走私一案，处理的井井有条，尺度拿捏得很好。因而引起了朝廷的注意，不久被朝廷和三公同时征召，以司徒高第征为侍御史。
黄巾之乱爆发后，朝廷拜王允为豫州刺史，征辟尚爽、孔融等名士担任王允的从事，率领重兵讨伐黄巾军。王允初次领兵打仗，便充分展示了他非同一般的文韬武略。预先，王允广泛征求从事和普通官兵的意见，设计了周密的作战方案；战斗过程中，王允亲自披挂上阵，大显身手，彻底击溃豫州一带的黄巾军。
之后，王允和左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱儁共同受降数十万黄巾。在受降过程中，细心的王允从农民军中搜查到一封中常侍张让的宾客所写的书信，信中涉及一些与黄巾军有关的内容。王允也不计较利害关系，他怀疑张让与黄巾军私通，便进一步追查，把其中的具体细节全部揭发出来，并且写成奏折上奏皇帝。
皇帝大惊，立即召张让进宫，怒气冲冲地指责张让，并要他交待实际情况。张让一向在朝中自以为是，指手画脚，也没想到有谁敢在皇上面前揭露他，因此见到王允的奏章后吓得半死，急忙叩头谢罪。可张让是何等狡诈圆滑的人物，他在回答皇帝时，不仅不承认自己的罪行，反而说王允忌妒陷害他，说自己对陛下，对朝廷是如何如何忠心耿耿，没有丝毫与黄巾军私通和背叛朝廷之意。皇帝本就有意偏袒张让，加上被张让的花言巧语所迷惑，自认为他无罪，也便不再追究。
张让脱罪后，对王允心怀忿恨，一心想伺机打击报复王允。终于找到一个借口，将王允逮捕下狱。不久，正好赶上朝廷大赦，王允免罪释放，还复刺史原职。可是，睚眦必报的张让并没就此罢休，没出十天，他又以另一个“莫须有”的罪名将王允治罪，王允再度入狱。
司徒杨赐素知王允的为人和品性，知道张让是有意想置王允于死地，为了替王允开罪，让他免受痛苦和屈辱，杨赐派手下人劝告王允说：“你因事得罪宦官张让，一月之内，两次下狱，很明显他是有意和你过不去。如今你是凶多吉少，性命都难保。为了成就自己的志向，你又何必不先退让一下，忍一忍呢？大丈夫能屈能伸，如果只一味好强，恐怕他不会放过你，请你仔细思量思量吧！”
王允手下的从事也对王允的再次入狱深感忧虑，他们想方设法营救王允。有一名好斗气的下属去狱中探望王允时，痛哭流涕，劝王允向张让认错赔罪，求他网开一面，被王允怒斥拒绝。下属找来一杯酒，气愤地对王允说：“你既然如此保全自己，不如喝下这杯毒酒算了，又何必还在狱中受别人的折磨呢？”
可是，出乎下属的意料，王允一把夺过酒杯，厉声说道：“我是堂堂天子的臣民，君王赐罪于我，我应当接受惩罚，按照王法在街头斩首示众，而且天下人都应以我为戒，不再违反法律，维护社会的安定，哪有私自吞喝毒药，以死逃避法律制裁的道理？你们不用再劝我了，我意已决！”说完，便把酒泼倒在地上，自己走近囚车，又重新被关进监狱。
由于王允一直又没有向张让赔罪认错，张让又进一步渲染他的所谓的罪行情节。不久，王允的案件被提审，王允的手下官员和朋友以及朝中许多官员都十分着急，想制止张让对王允的陷害。大将军何进、太尉袁隗，司徒杨赐联名向皇帝上书，替王允求情，希望皇帝能够赦免王允。
他们在奏章中写道：“王允严于律己，宽以待人，为官尽忠尽诚，宽宏贤能，具有君子的风范和气节。过去晋悼公和先朝孝文皇帝能明辨是非，赦免大臣的罪行，陛下就不能仿效吗？如此王允受命于朝廷，诛讨逆贼，安抚良民，本应论功行赏，加官进爵；难道就因如此微不足道的小事情，就定他死罪吗？陛下如此不公平地给予他处罚，恐怕有负众望，百官有所不服吧。”
皇帝看完奏章后，便赦免了王允的死罪，但仍下狱重新定罪。这年冬天，又逢朝廷大赦。由于张让始终从中作梗，王允仍不在赦免之列。何进、袁隗、杨赐等三公要员继续上书皇上，要求赦免王允。次年，王允才被免罪释放。当时，朝中宦官当权，张让阉党凭借权势横行霸道，为所欲为。刚刚出狱的王允虽对张让等人的行径深恶痛绝，但因力量有限，只得改名换姓，离开都城洛阳，辗转于河内、陈留之间。
黄巾乱起之时，傅燮就曾经上书追论黄巾祸乱之源，矛头直指十常侍，因此被张让忌恨。皇甫嵩在兖州东郡仓亭大破黄巾军，傅燮所部生擒黄巾军渠帅卜巳、张伯、梁仲宁三人，位居首功。战事结束之后，由于赵忠从中作梗，诬陷傅燮，但是汉灵帝对傅燮印象深刻，不加问罪，任命其为安定都尉。后傅燮因病离职
此时，朝廷上下都为平定黄巾而欣喜若狂，并没有人意识到，汉室的倾颓已经不可避免了。王允单人独骑，悄悄南下，他回头看了一眼洛阳，转过身走了，没有人知道，此时此刻，他心中想得是什么。