高宗改元龙朔，欲亲自出征，为武氏谏阻而止，但诏促各路进军。苏定方先进
忽由百济王丰，遣人来前，由仁愿召入，问明来意。来使道：“大使等何时西还？我主当派兵护送。”仁愿尚未及答。仁轨即从旁答言道：“我军归期在尔，难得尔主好意，尔可为我归谢，不劳护送！”来使应声自去。仁轨道：“狡虏欺我太甚，目下虏使方归，我正可衔枚疾进，攻他不备了。”仁愿大喜，当即督兵袭支罗城，一战即下，进拔岘城大山、沙井等栅，杀获甚众。福信闻警，才遣兵添守岘城，仁轨佯令缓攻，夜令军士督草填濠，霎时间草与城齐，各将士攀草而上，一齐登城。守卒闻知，已经不及抵御，只得开城遁走。仁轨方安安稳稳的据了岘城，得与新罗通接粮道，有恃无恐。仁愿遂奏请添兵，有诏发淄青、莱海兵七千人，速赴熊津，再遣右威卫将军孙仁师，为熊津道行军总管，统军继进。百济王丰，正与福信争权，率亲卒击杀福信，骤闻唐军大至，急遣使向日本乞师。日本齐明天皇，名天丰。亲赴筑紫，调兵救百济，途次遇病，至筑紫即殁。皇太子天智，奉丧听政，遣部将阿昙比逻夫、阿部比逻夫等，帅舟师百艘，援百济王，更派兵三万人继进，作为后应。
是时孙仁师已至熊津，与二刘合军，声势甚盛。诸将欲出攻加林城，仁轨道：“加林当水陆要冲，地形险固，我若急攻，反伤士卒，缓攻必旷日持久，亦致劳师。不若直捣周留城，周留城为狡虏巢穴，群凶所聚，除恶务本，正在此举，周留得拔，余城不战自下了。”不入虎穴，焉得虎子？于是分道进兵，仁师、仁愿，邀同新罗王金法敏，从陆路进，仁轨与别将杜爽、扶余隆，率水军及粮船，自熊津入白江，拟与陆师相会。甫至白江口，那百济王丰，与日本兵驾船前来，帆樯相望。仁轨用火攻计，乘风纵火，猛烧敌船，顿时烟焰熏天，海水尽赤。日本将阿昙比逻夫等，还想冒火来战，怎禁得祝融肆威，封姨助虐，徒落得焦头烂额，一步儿不能上前。岸上战鼓声喧，唐将仁师、仁愿等，又复驱军杀到，那时还有何心恋战，慌忙转柁遁去。中国有史以来，日本兵为我军所败，唯此一仗，最为吃亏。百济王丰，亦脱身奔高丽。唐军遂进薄周留城，扶余丰子忠胜、忠志等，率众出降，百济又亡。唯百济将迟受信据守任存城，未肯归命，仁轨令百济降将常之，及沙吒相如为前驱，自率兵后随，奋勇进攻。迟受信料不能守，也挈妻子奔高丽去了。
捷书报达唐廷，高宗召仁师、仁愿还朝，留仁轨镇守百济。仁轨籍户口，瘗骸骨，辑村聚，置官长，通道途，立桥梁，补堤堰，修陂塘，课耕桑，赈贫乏，赡孤老，立唐社稷，颁正朔及庙讳，百济大悦，阖境又安。及刘仁愿到京，高宗亲加慰劳，仁愿道：“这统是刘仁轨的功绩，非臣所能及哩。”仁愿推贤让功，亦有足取。高宗乃加仁轨六阶，正任带方州刺史，且替他筑第都中，安顿妻孥，厚给赏赐。小子有诗赞仁轨道：
有勇还须仗有谋，东夷余焰一时休。
若非良将纡筹策，安得功名盖远州？
百济已平，正欲进图高丽，偏铁勒部又复叛唐，屡来寇边，乃遣将往讨铁勒，暂将高丽搁下。欲知铁勒部战事，且待下回表明。
长孙无忌，高宗之母舅也，而构陷之者，始自武氏，成于许敬宗。武氏之欲杀无忌也，因无忌谏阻易后致有此嫌。敬宗与无忌何仇？与褚遂良、韩瑗等又何怨？其所以必加陷害者，无非受武氏之嘱托耳。夫唐廷以上，臣僚甚众，宁必为武氏爪牙，方得居官食禄，况无忌等未尝有罪，而乃任意扳诬，恶同蛇蝎，吾不意忠良之后，而竟生此奸贼也。故武氏之恶固大矣，而敬宗之恶为尤大，揭而出之，恶其何自遁乎？高宗时之良将，苏定方外，应推刘仁轨，高丽未捷而还师，百济复燃而未靖，微仁轨之临机决胜，则刘仁愿必且还军，即幸不为敌所乘，而新罗介居两国间，又遭大丧以后，其能免为蚕食乎？故仁愿之从谏如流，虽有足称，而平定百济，虽出仁轨之功，表而出之，功其庶不没乎？本回隐具此旨，且为标明巨目，嫉恶表功，书法固不苟也。